Peut-être faudrait-il mieux mettre les lettres en préfixe plutôt qu'en suffixe ?
Ça pourrait poser problème pour certaines lignes strasbourgeoises (6a, 15a, 70a, ...)

Le TER 200 Bâle - St-Louis - Mulhouse - Colmar - Sélestat - Strasbourg en tant que colonne vertébrale du réseau TER aura la lettre A. Pour les services TER 200 se prolongeant vers Nancy ou vers Metz via Saverne, ce sera A1 et A2.
Pour le service omnibus entre Bâle et Mulhouse, ce sera S1 histoire de se caler sur le réseau RER de Bâle.
Pour les autres services omnibus il y aura des lettres aussi: B, C, D..
Je ne suis pas très chaud sur ce principe pour au moins trois raisons:
- L'utilisation d'un suffixe S peut faire songer à une branche "sud" d'une ligne en opposition à une branche "nord" notée N. Certains réseaux utilisent ces suffixes pour des lignes de rocade comme à Cergy-Pontoise par exemple.
- Rajouter S pour Strasbourg ou M pour Mulhouse risque de faire sourire les voyageurs. C'est un peu leur faire apprendre dans quelle ville ils prennent le bus !
- Saint-Louis, Sélestat et Strasbourg commencent toutes par un... S

On peut aussi utiliser le nom du réseau quand il faut vraiment différencier... mais dans la plupart des cas (girouettes des bus et plans de réseaux urbains) je pense qu'il n'y a pas du tout besoin de suffixe ou préfixe.

Il suffit de voir en Bade-Wurtemberg où chaque réseau à sa numérotation propre. Pas besoin de préfixe/suffixe, et cela ne pose pas de problèmes pour autant.

Sur la numérotation des lignes, quelques remarques:

- traditionnellement les lignes ferroviaires ne sont pas numérotées en France. Il n'y a que les lignes RER Parisiennes qui ont une numérotation utilisée, A B C D E. Les branches A1, A3... ne correspondent à aucune réalité concrète et ne sont pas indiquées sur les quais, ce sont des noms incompréhensibles pour les profanes qui sont utilisés. Les numérotations des trains transilien sont récentes, mais pas sur que ce soit très appropriée par les usagers au quotidien.

- toujours à Paris, la numérotation des lignes de bus est particulièrement confuse. Il n'y a aucune unité. La RATP débute sa numérotation à 20, réservant les numéros 1 à 19 pour le métro. Les lignes <100 sont "parisiennes" (bien que dépassant parfois le périphérique), les lignes >100 sont hors paris (bien que démarrant parfois à Paris). Par contre on peut trouver des doublons. Ainsi, à Roissypole il y a 2 lignes 100, l'une vers Chelles, l'une vers Persan, exploitées toutes les deux par la même compagnie (une filiale de la SNCF)!

Pour l'Alsace, je ne suis pas sur qu'il faille aller à une numérotation aussi forte.
- SNCF: on pourrait numéroter les lignes, en débutant par le 1 pour le TER200, ligne phare de la région. Les fiches horaires sont déja numérotées mais ces numéros ne sont repris nulle part. Cette numérotation n'est donc pas impérative, les usagers continueront à prendre le TER Strasbourg Selestat plutôt que la ligne 2 (ou autre).

- Réseaux urbains: Les réseaux alsaciens ne sont pas connectés. Il n'y a donc pas le risque parisien d'avoir deux lignes au même endroit. Dans la communauté tarifaire ZVV, les deux réseaux urbains principaux (Zurich et Winterthur) ont chacun leur numérotation (numéros <100). Les numéros se recoupent entre les deux réseaux. Probablement est il plus facile pour un habitant de Winterthur de prendre la ligne de bus 1 que la 601! Par contre, les autres lignes interurbaines ont une numérotation unique dans tout le canton, par exemple les lignes 700 sont celles à proximité de l'aéroport. Pour les réseaux urbains il est donc peut etre plus simple de laisser la numérotation actuelle.

- La numérotation des lignes à toute l'alsace concernera donc principalement les lignes de car. Peut etre des numéros 100 a 199 pour le réseau 67, 200 à 299 pour le réseau 68!

Pour la politique tarifaire, je posterai bientôt un post à ce sujet (pas trop le temps de le rédiger ne tentant d'être complet)

Il est vrai que les branches A1, A3 et A5 ne correspondent à rien puisqu'on ne voit cette dénomination que dans les schémas à l'intérieur des rames. Pour le Transilien, le principe des lettres commence à bien s'implanter sur les supports d'information notamment dans le métro parisien.
Si je propose de numéroter les lignes de train c'est avant tout parce qu'on se dirige depuis quelques années vers des offres de trains cadencées et fréquentes. Il y a quelques années c'était plutôt un train de temps à autre. De plus, Bâle à mis en place un réseau RER tri-national donc le tronçon Bâle-Mulhouse est une partie. Strasbourg réfléchit à la mise en place d'un RER. Enfin, avec la volonté d'une tarification de plus en plus intégrée multi-exploitants et multimodale, donner une lettre aux lignes de train permet de donner une existence plus concrète à une ligne de chemin de fer en tant que service régulier et à disposition des voyageurs urbains.
C'est vrai qu'en Ile-de-France c'est un peu l'anarchie. Il faut dire que tous les réseaux s'imbriquent les uns dans les autres. De plus, des créations, des fusions et des modifications sont très courantes en banlieue. J'ai eu l'occasion de m'en rendre compte lorsque je travaillais aux Courriers de l'Ile-de-France. Je connais ainsi très bien Roissypole. Le réseau CIF exploite 3 lignes 100: Roissypole-Persan, Roissypole-Chelles et Torcy-Créteil. Le STIF n'a jamais vraiment réglementé tout ça, sans doute parce que c'est très compliqué. Par contre, pour les TCSP c'est beaucoup plus clair car les lignes sont neuves et d'importance régionale.
Justement non, parce que le principe de notre démarche est de fusionner les deux réseaux départementaux et le réseau régional sous une identité. Séparer les lignes par département donnerait un mauvais signal, d'autant plus que certaines lignes seront à cheval sur les deux.

C'est l'idée que je vois aussi. Je serai même pour développer un RER au niveau régional. Au lieu d'avoir, par exemple, la ligne "Strasbourg-Sélestat", on aurait deux, trois (voire plus) lignes de RER qui desserviraient les gares du parcours (toutes, ou quelques unes, tel que pratiqué du côté de Zurich par exemple)

Reste un souci : que faire des lignes en Y comme Strasbourg-Molsheim-Bruche/Piémont ou Strasbourg-Hagenau-Nord Alsace ?
Une ligne à deux branches et terminus partiel ?
Deux lignes, donc les services partiels (omnibus Strasbourg-Molsheim) sont commune ?
Trois lignes, ce qui suppose de distinguer la desserte directe des omnibus ?

Sur la ligne principale c'est assez clair par contre : 1 pour Strasbourg-Mulhouse-Bâle (y compris les directs limités à Mulhouse), 2 pour Strasbourg-Séléstat(-Colmar), 3 pour Colmar-Mulhouse, [?]* pour Mulhouse-Bâle, 4 et 5 pour Strasbourg-Metz/Nancy, 6 pour Strasbourg-Saverne-sarrebourg... (à voir pour l'ordre, peut-être faudrait-il numéroter les directes en premier ?)

* on peut l'appeler S et numéroter toutes les autres avec des lettres ; ou S1 comme première ligne du S-Bahn de Mulhouse, mais ça rendrait la numérotation floue.


Sinon, une autre idée pour le TER en s'inspirant de la numérotation des lignes urbaines à branches :
Un chiffre désignant la ligne (au sens de l'infrastructure) puis une lettre désignant la branche, la partie parcourue ou le service omnibus. Concrètement :
1 pour Strasbourg-Mulhouse-Bâle
- 1A ter200
- 1B Strasbourg-Séléstat(-Colmar) omnibus et semi-direct
- 1C Colmar-Mulhouse
- 1S (comme Suisse, mais aussi comme" S1") Mulhouse-Bâle
2 pour Strasbourg-Saverne-Lorraine
- 2A Strasbourg-Nancy
- 2B Strasbourg-Metz
- 2C Strasbourg-Saverne(-Sarregourg) omnibus
5 pour la direction de Molsheim
- 3A Strasbourg-Obernai-Séléstat
- 3B Strasbourg-St Dié
- 3C Strasbourg-Molsheim omnibus (se pose alors la question des trains des 3A ou B desservant tous les arrêts - il y en a quelques-uns : il faudra spécifier sur le plan "arrêt à certaines heures seulement" ou qqch comme ça)
4 pour les lignes Nord-Alsace
- 4A Strasbourg-Haguenau-Wissembourg(-Neustadt)
- 4B Strasbourg-Haguenau-Niederbronn
3 pour Mulhouse-Kruth (astuce )
- 3 tram Mulhouse-Lutterbach
- 3A TER direct
- 3B tram-train
6, 7, 8, 9... pour Strasbourg-Sarreguemines(-Sarrebrück), Strasbourg-Lauterbourg, Mulhouse-Belfort, Colmar-Metzeral, Mulhouse-Müllheim...

Personnellement, la numérotation "à branches", sur le modèle du RER parisien, me plaît plus.

Tant que j'y pense, il serait aussi intéressant de créer un nombre de TER Nancy/Metz - Bâle plus important en diamétralisant des TER Nancy/Metz - Strasbourg avec des TER200.

Ne faudrait-il pas plutôt créer des lignes passe-Strasbourg ou passe-Mulhouse ? Je pense par exemple à une ligne Thann - Mulhouse - Saint-Louis - Bâle (- Liestal, par exemple) puisque de nombreux habitants de la Vallée du Thur partent travailler en Suisse.